Как построить структуру комплекса белок — РНК

Три источника, по убыванию удобства:

• Свои конструкты. То, что реально нарабатывается в лаборатории, лежит в таблице ниже — жмите «копировать» и вставляйте.
• UniProt — для любого известного белка. Ищите по имени и организму (ADAR2 human), берите запись с пометкой Reviewed — это выверенная вручную Swiss-Prot. Кнопка Download → FASTA (canonical). Там же, в разделе Family & Domains, указаны границы доменов — по ним вырезают отдельный dsRBD.
• NCBI Protein — если организма нет в UniProt (у нас так с кальмаром и гидрой). Формат: Send to → File → FASTA.

Перед вставкой уберите заголовок FASTA (строку с >), пробелы и переносы — AlphaFold принимает только буквы аминокислот, причём X и U (селеноцистеин) не примет.

С РНК главная ловушка — взять произвольный кусок. Одноцепочечная РНК без структуры сложится в кашу, и проверить предсказание будет нечем. Берите то, у чего есть экспериментальный ответ:

• PDB — лучший источник. Найдите решённую структуру своего белка с РНК (для ADAR — таблица внизу страницы), откройте вкладку Sequence или скачайте FASTA: там ровно тот олигонуклеотид, который кристаллизовали. Заодно потом будет с чем сравнить модель.
• Rfam — если нужна не конкретная структура, а семейство: шпильки, рибопереключатели, известные мотивы.
• NCBI Nucleotide или геномный браузер — когда субстрат природный. Для ADAR1 это двуцепочечные участки из инвертированных Alu-повторов в 3′-нетранслируемых областях.

Три правила. Только буквы A C G U: тимин из ДНК-записи меняем на урацил. Модифицированные нуклеотиды (в PDB они записаны как X) заменяем на обычные — в наших заготовках 8-азанебуларин уже заменён на аденозин, он и стоит в редактируемом положении. Двуцепочечную РНК добавляем двумя отдельными цепями, а не одной строкой; шпильку — одной цепью, она свернётся сама.

Как экономить квоту: сначала загляните в AlphaFold DB. Если нужен просто фолд одиночного белка — он там уже посчитан. Сервер нужен ровно тогда, когда нужен комплекс.

1. Continue with Google. Справа сверху появится счётчик Remaining jobs — сколько заданий осталось на сегодня.
2. Первая сущность уже есть в форме. Слева от поля ввода — список типа: Protein, DNA, RNA, Ligand, Ion. Поставьте Protein и вставьте последовательность из шага 1.
3. Copies — сколько копий этой цепи в комплексе. Для одного dsRBD — 1. Ставьте 2, только если проверяете димер: размер комплекса при этом удваивается.
4. Add entity добавляет вторую цепь. Выберите тип RNA и вставьте последовательность из шага 2. Для двуцепочечного дуплекса нажмите Add entity ещё раз и добавьте вторую цепь отдельно.
5. Continue and preview job. В окне предпросмотра:
   • Job name — назовите по-человечески, иначе через десяток заданий своё не найдёте (например hADAR2_dsRBD1_hairpin13).
   • Seed — начальное число генератора. Одинаковый seed на том же входе даёт тот же результат; чтобы проверить, устойчиво ли предсказание, тот же вход запускают ещё раз с другим seed.
6. Confirm and submit job — задание уходит в очередь. Домен со шпилькой считается несколько минут, большой комплекс — десятки.
7. Модификации остатков, лиганды и ионы для нашей задачи не нужны — не трогайте.

Если не хочется кликать, сервер принимает готовый JSON (кнопка импорта, до 100 заданий в файле). Заготовку можно собрать внизу страницы.

Скачивается архив. Внутри пять моделей (…_model_0.cif … …_model_4.cif, нулевая — лучшая по мнению модели), копия запроса (…_job_request.json) и файлы с оценками уверенности.

Чем открыть модель. Проще всего Mol* Viewer — прямо в браузере: Open Files, затем раскраска по pLDDT. Основательнее — PyMOL или ChimeraX: там же делают наложение на экспериментальную структуру (в PyMOL align model, 7zlq) и смотрят RMSD.

Перед отправкой проверьте: в белке нет заголовка FASTA и лишних символов; РНК записана буквами ACGU; двуцепочечная РНК добавлена двумя цепями; число копий соответствует замыслу; у задания понятное имя.